Japonsko
Japonsko bylo hned další zemí, kam se zen šířil díky mnichu Eisai Zenji (1141-1215). Ten se zde stal zakladatelem sekty Rinzai, díky které se stal známý koan. Kromě zenu přivezl i čajová semínka a čaj se tak dostal do popředí zájmu. V patnáctém století se v Japonsku zdokonalilo čajové umění a díky propojení se zen buddhismem se čajová kultura a filozofie začala nazývat čadó. V Japonsku mniši získávali státní podporu pro svůj řád tvrzením, že tento řád je schopen zajistit blaho národa. Eisai Zenji po návratu z Číny sepsal Pojednání o šíření zenu k ochraně státu, které předložil nové vojenské diktátorské vládě v Kamakuře. Mělo se za to, že bezpečnost a prosperita Japonska závisí na různých božstvech, která mají moc odvrátit přírodní pohromy a ochránit zemi před cizími nájezdy. K udržení přízně a podpory se božstvům musely nabízet příslušné obětiny a modlitby. Účinnost takových obřadů podle tradiční buddhistické teorie závisela na čistotě těch, kdo je prováděli. Eisai tvrdil, že díky mravní disciplíně jsou zenoví mniši těmi nejvhodnějšími, kdo mohou provádět obřady na ochranu státu.
Ničiren založil jednu odnož hnutí kamakurského buddhismu, které tvrdilo, že klíčem k probuzení je zazen. Ten není prostředkem k dosažení buddhovství, je to nejdokonalejší výraz buddhovství, jež prostupuje celý vesmír. Podle tohoto názoru sedět v meditaci znamená být buddhou, je to vyjádření pravé podstaty člověka, přítomné zde od samotného počátku. Pro Hóhena bylo jedinou praktikou odříkávání formule Namu Amida bucu. Mniši sekty Fuke meditovali hrou na šakuhači.
V období Tokugawa (1603-1868) vláda uzákonila, že všichni mniši musejí žít v celibátu, a vztahy se ženami se trestaly smrtí. Nicméně v posledních sto letech je stále běžnější, že se mniši žení, a pravidla mnišské disciplíny dodržuje pouze méně než jedno procento mnichů. K převratné reformě mnišského statusu zde došlo roku 1872, kdy vláda období Meidži odebrala mnichům jakékoli výsadní postavení. Od té chvíle se mniši museli registrovat v systému registrace domácností, platilo pro ně povinné světské vzdělání, zdanění a vojenská služba.